A ocupação das terras foi iniciada pelos frades franciscanos. A povoação foi elevada a Vila com o nome de Cajapió, em 11 de maio de 1886, sendo desmembrada de São Bento dos Perizes. Foi elevada à condição de cidade em 1924. O município foi extinto e anexado a São Vicente Férrer em 1932, e transferido para São Bento dos Peris no ano seguinte. Reconquistou autonomia em 1935. Cajapió é uma palavra tupi-guarani que significa fruto maduro ou fruto dourado, referindo-se ao cajá.

O município é rodeado por uma extensa área de campo alagado, característica da Baixada Maranhense e pertence à área de proteção ambiental Ilha dos Caranguejos e da Baixada Maranhense. A Ilha dos Caranguejos e a Ilha Verde pertencem ao município, são ricas em manguezais e estão situadas no estuário do Mearim, ao sul da Baía de São Marcos.

Seu relevo é plano e baixo, predominam a vegetação de campo, os manguezais e a mata dos cocais (babaçu). Além do Mearim, estão presentes em seu território os rios Jiquiruna, João Batista, Cajueirinho, Cajapió, Santa Rosa, Peixe Boi, Cajueiro Grande, Cajueiro Pequeno e dos Frades.

A pecuária, a agricultura (mandioca), a pesca artesanal, as olarias, a produção de farinha são as principais atividades econômicas presentes. A cidade tem potencial turístico em virtude de sua paisagem, mas ele é pouco aproveitado. A praia de Itapeuá, localizada a oeste da Ilha dos Caranguejos, em frente à Baia de São Marcos é um dos pontos mais visitados.

FONTE: IMESC

O Bumba Meu Boi (entre eles o Boi da Malhada, sotaque da Baixada) e o Tambor de Crioula são fortes e muito presentes nos povoados. Também se destaca o Tambor de Taboca.

Há diversas festas de terreiro. A Festa de Nossa Senhora das Mercês, padroeira da cidade, é realizada em setembro.